Поправка: я не знаю что это за магия, но смотрю сейчас и вижу что те товары которые показывались как "объект не найден" сейчас отображаются нормально. Разница по времени от первого просмотра 20-30 минут, новых выгрузок в ТСД не делал.

Вот сделал новую выгрузку - та же ситуация, чуть позже еще раз проверю.

По штрих кодам заметил что пропали только те которые имеются одновременно у нескольких позиций номенклатуры (такой штрих код только одной номенклатуре прописан остался)

Не сильно помогло, да теперь количество не дублируется но при проваливании в номенклатуру из пересчета в ТСД пишет что объект не найден и при выгрузке номенклатуры теряет штрих коды