Спасибо за консультацию, оказалось, что после установки галочки создавать номенклатуры под каждый штрихкод, нужно было очистить базу данных ТСД и перезагрузить его.

Стоит эта настройка

Так происходит только с некоторыми основными средствами, большинство с одинаковым наименованием, разными кодами и штрихкодами выгружаются отдельными строками.