Доброго дня!
 Нет, к сожалению у меня не типовая версия, 1С-WMS, где похожий параметр обнаружить не удалось. Но поскольку на этом сервере, на данной платформе работают различные пользователи, с устройств MC3190-3290, у которых проблем со считыванием не возникает, рисковать с изменением глобальных настроек не стану. 
 Частично решил проблему следующим образом - выставил размер экрана в RDP 320*320, в настройках панели задач и меню пуск поставил галочку "автоматически скрывать панель задач". Потери в отображении информации за счет уменьшения размеров окна небольшие, но зато штрихкод считывается практически на 100% успешно.

Да, ТСД на WinCE 7.0.
 На этом же сервере работают ТСД модели MC3190, с ними проблем не возникает.
 При сканировании в блокнот на сервере, подобных проблем не возникает, считываемость 100%-ная; Проблема только в 1С

Собственно, суть проблемы отпала - я вбил только имя пользователя, домен каким-то образомподтянулся автоматически и ТСД подключился к серверу.
Но спасибо за оперативный ответ, в какой-то степени он помог.